Podstawowym zadaniem Trybunału Obrachunkowego jest kontrola wszystkich dochodów i wydatków Wspólnoty. Kontrola ta realizuje się poprzez wsparcie Parlamentu Europejskiego i Rady w wykonywaniu ich uprawnień w ramach kontroli wykonania budżetu. Trybunał Obrachunkowy po zamknięciu roku budżetowego opracowuje sprawozdanie z wykonania budżetu. Jest to podstawą do udzielenia Komisji absolutorium budżetowego przez Parlament Europejski. Sprawozdanie to jest przedstawiane wszystkim organom i wraz z ich opiniami publikowane w Dzienniku Urzędowym Wspólnot Europejskich.
Ponadto Trybunał Obrachunkowy przygotowuje Parlamentowi Europejskiemu i Radzie potwierdzenie wiarygodności i zgodności z prawem wszystkich podstawowych transakcji (jest ono publikowane w Dzienniku Urzędowym Wspólnot Europejskich).
Trybunał Obrachunkowy przygotowuje swoje obserwacje poczynione na podstawie prowadzonych audytów określonych zadań lub programów. Trybunał Obrachunkowy przygotowuje także opinie na wniosek instytucji wspólnotowych.
Realizując swe uprawnienia Trybunał bada zwłaszcza zgodność z prawem, zasadność i prawidłowość wszystkich skontrolowanych wydatków i dochodów.